Auf Initiative der Archäologischen Denkmalpflege Mainz, des Lehrstuhls für Archäologie des Mittelalters und der Neuzeit an der Otto-Friedrich-Universität Bamberg, der Stadt Ingelheim und örtlicher Vereine wurden 1993 die archäologischen Ausgrabungen im Saalgebiet von Ingelheim nach 20jähriger Unterbrechung wieder aufgenommen.
Die Grabungen zielen auf die Erforschung der Kaiserpfalz, einem der bedeutendsten Zeugnisse früh- und hochmittelalterlicher Großarchitektur in Europa. Das Bauprogramm, dessen architekturgeschichtliche Wurzeln in der römisch-antiken Palastarchitektur liegen, ist ein herausragendes Beispiel für die Antikenrezeption am Hof Karls des Großen. Die Pfalzanlage diente vom späten 8. Jahrhundert bis 1375 als Königsaufenthaltsort.
Die zentrale Aufgabe der Forschungsstelle bildet die Planung, Durchführung und Auswertung archäologischer Grabungen, die durch die vollständige Überbauung des Denkmals aber erheblich erschwert sind. Zu den erweiterten Aufgaben zählen die bodendenkmalpflegerische Begleitung der Stadtsanierung in der Denkmalzone Saalgebiet und die Planung und Realisierung eines Konzepts zur Sicherung, Erschließung, Neugestaltung und didaktischen Vermittlung des Denkmals Kaiserpfalz.
Bei den Ausgrabungsarbeiten kommen Studierende der verschiedenen Fachdisziplinen, freiwillige Helfer sowie Mitarbeiter der Archäologischen Denkmalpflege zum Einsatz. Vier Archäologen arbeiten an der Prospektion, Planung, Durchführung und Auswertung der archäologischen Ausgrabungen im Saalgebiet. Die Schwerpunkte der Geländearbeit bilden die Aula regia genannte Thronhalle und das Heidesheimer Tor, die staufische Erweiterungsfläche sowie 2004 der Saalplatz und das "Karlsbad" (heute genannt Bassin der Fernwasserleitung). Seit 2010 konzentrieren sich die archäologischen Ausgrabungen in der Peripherie des Saalgebietes.
Für die erweiterten Aufgabenbereiche Denkmaltourismus (seit 1999) und Stadtsanierung (seit 2001) ist ein Team aus Kunsthistorikern und Kulturwissenschaftlern verantwortlich. Besonders qualifizierte studentische Mitarbeiter der Fachrichtung Vor- und Frühgeschichte bereichern das Team der Kaiserpfalz-Forschungsstelle. Die Gesamtleitung hat der Mittelalterarchäologe Holger Grewe.
Zahlreiche Berichte, von der Fachpublikation über kleinere Schriften bis zu elektronischen Medien, informieren über die jüngsten Ergebnisse und über die laufenden Maßnahmen. In der in Vorbereitung befindlichen Gesamtpublikation werden die Ausgrabungsergebnisse unter der Leitung von Christian Rauch (1909-1914), Walter Sage (1960-70er Jahre) und Holger Grewe (seit 1993) erstmals umfassend publiziert werden.
